El presidente Cárdenas crea la Comisión Intersecretarial Pro Baja California y lo nombra su presidente.
Cuando Múgica decide contender por la presidencia, don Modesto renunció por diferencias con el nuevo secretario de SCOP; salió de la secretaría para trasladarse de cargo, y el presidente lo nombró subsecretario de Economía Nacional. Durante estos periodos realizó proyectos en la península de Baja California como: estudios para la obtención de fertilizante del guano en las islas de B.C., de este proyecto se derivó una comisión científica para estudiar las islas; aprovechamiento de sales de la salina La Soda; y sobre el cultivo de palmera de coco en El Mogote de La Paz.
